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一种SNP杂合样本的半定量方法

基本信息

申请号	CN202110205947.6	申请日	-
公开（公告）号	CN112899355A	公开（公告）日	2021-06-04
申请公布号	CN112899355A	申请公布日	2021-06-04
分类号	C12Q1/6869	分类	生物化学；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物学；酶学；突变或遗传工程;
发明人	万谦;蒋小辉;向俊蓓	申请（专利权）人	成都新生命霍普医学检验实验室有限公司
代理机构	成都行之专利代理事务所（普通合伙）	代理人	史丽红
地址	610000 四川省成都市金牛区金泉路15号6栋1楼1号
法律状态	-

摘要

本发明公开了一种SNP杂合样本的半定量方法，包括如下步骤：1）合成两个长度相同的DNA模板P‑ctDNA‑1和P‑ctDNA‑2，两者序列仅在中部的同一位点存在SNP差异；2）合成能通过PCR完全扩增P‑ctDNA‑1和P‑ctDNA‑2的引物P‑ctDNA‑3和引物P‑ctDNA‑4；3）按多种不同的比例混合P‑ctDNA‑1和P‑ctDNA‑2，得到P‑ctDNA‑2占比不同的DNA混合物；4）以步骤3）中混合物作为模板，以P‑ctDNA‑3和P‑ctDNA‑4为引物进行PCR扩增，然后回收条带，再以P‑ctDNA‑3为引物进行Sanger一代DNA测序，获得不同比例下SNP位点的测序图谱。本发明通过人为合成两种具有SNP差异的DNA模板，然后采用不同比例混合两种DNA模板来模拟具有多态性的SNP杂合样本，从而建立不同比例下SNP位点的重叠状态图谱，这样仅仅依靠Sanger一代DNA测序得到SNP杂合样本的图谱即可初步判断样本的SNP杂合程度。