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一种肠道微生物16SrRNA的NGS数据分析方法

基本信息

申请号	CN202011636132.5	申请日	-
公开（公告）号	CN112435713A	公开（公告）日	2021-03-02
申请公布号	CN112435713A	申请公布日	2021-03-02
分类号	G16B30/10(2019.01)I	分类	物理
发明人	董辉;赵加栋;金维荣;秦红友;周蓉	申请（专利权）人	申友基因组研究院（南京）有限公司
代理机构	南京众联专利代理有限公司	代理人	郭微
地址	210048江苏省南京市江北新区长芦街道宁六路606号
法律状态	-

摘要

本发明公开一种肠道微生物16 S rRNA的NGS数据分析方法，包括以下步骤：1)数据库准备：首先从SILVA132和Dreengene13‑8‑16S数据库中找出能用V4通用引物扩出的序列，把序列切去V4通用引物，获得254bp的序列，从正反两个方向分别截取125bp的序列，然后将双向125bp的序列连接，获得一个长度均为250bp的序列；2)特征分类训练器训练：使用qiime2的朴素贝叶斯分类器对1）中的序列以及对应的分类信息进行训练获得更准确的特征分类器；3)准确性评估：使用一个模拟的微生物群落，使用DADA2对混合测序样品进行推断，并且和真正的注释信息进行比较；4)多样性分析：使用mafft程序执行对代表序列进行多序列比对，应用FastTree基于过滤后的比对结果生成系统发育树。提高了数据利用率，可以实现更长读长测序的检测效果。