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一种基于二代测序数据的HLA分型方法

基本信息

申请号 CN202110559161.4 申请日 -
公开（公告）号 CN113409890A 公开（公告）日 2021-09-17
申请公布号 CN113409890A 申请公布日 2021-09-17
分类号 G16B30/10（2019.01）I 分类 物理
发明人 丛华剑;张倩;郭现超;洪轲;陈守林;王燕 申请（专利权）人 银丰基因科技有限公司
代理机构 济南泉城专利商标事务所 代理人 赵玉凤
地址 250100山东省济南市高新区港兴三路1109号二期产业楼905室
法律状态 -

摘要

摘要 本发明公开了一种基于二代测序数据的HLA分型方法，本方法首先构建HLA参考序列数据库，然后进行二代测序数据分析。二代测序数据分析包括原始HLA数据质控与过滤、HLA参考序列进行序列比对、统计比对结果、重构HLA参考序列、进行二次比对和统计比对结果。二代测序数据分析后利用聚类算法与HLA序列特征判断序列杂合位置；根据杂合位置进行局部重比对，分离出单倍型序列；根据单倍型序列遍历HLA数据库，匹配出最佳HLA型别。本发明的分型方法可准确获得HLA型别结果，整体准确率在99%以上，大大提高了HLA二代测序数据的分析效率。