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一种快速检测融合基因的方法

基本信息

申请号	CN201710293318.7	申请日	-
公开（公告）号	CN107437002A	公开（公告）日	2017-12-05
申请公布号	CN107437002A	申请公布日	2017-12-05
分类号	G06F19/22(2011.01)I	分类	计算；推算；计数;
发明人	闫成海;唐元华;徐健	申请（专利权）人	首度生物科技（苏州）有限公司
代理机构	北京恒泰铭睿知识产权代理有限公司	代理人	首度生物科技（苏州）有限公司;苏州首度基因科技有限责任公司
地址	215123 江苏省苏州市苏州工业园区星湖街218号生物纳米园B8楼5层
法律状态	-

摘要

本发明提供一种快速检测融合基因的方法，包括以下步骤：A.建立融合基因数据库：将已知的融合基因断裂点以及断裂点前面的N个序列和断裂点后面的M个序列组成种子，种子的集合形成融合基因数据库；B.获取待检测基因;D.将种子与待检测基因的序列数据比对，确定待检测基因的序列数据是否包含种子信息；E.当包含待检测基因包含种子信息时，则认为待检测基因内含有融合基因；否则认为不包含融合基因。本发明弃用了常规的融合基因寻找方法，通过建立新的融合基因数据库，采用执果索因的方式，不需要与人类基因组进行比较，避免了既耗时又可能产生错误的比对基因组步骤，使得此种方法检测速度可提高几十倍，很少的内存需求下完成分析,并且防止了比较错误引起的误判。