一种利用基因序列信息预测药物最小抑菌浓度的方法
基本信息
| 申请号 | CN202110639770.0 | 申请日 | - |
| 公开（公告）号 | CN113257345A | 公开（公告）日 | 2021-08-13 |
| 申请公布号 | CN113257345A | 申请公布日 | 2021-08-13 |
| 分类号 | G16B20/20（2019.01）I;G16B40/00（2019.01）I;G06N20/10（2019.01）I | 分类 | 物理 |
| 发明人 | 高军晖;谭润东;江荣峰;余安祺;李小明;潘迎霞;楼敬伟;瞿介明;刘嘉琳;王新军 | 申请（专利权）人 | 上海宝藤生物医药科技股份有限公司 |
| 代理机构 | 北京品源专利代理有限公司 | 代理人 | 巩克栋 |
| 地址 | 201203上海市浦东新区中国（上海）自由贸易试验区张衡路180弄3号楼5层 | ||
| 法律状态 | - | ||
摘要
| 摘要 | 本发明提供了一种利用基因序列信息预测药物最小抑菌浓度的方法，所述方法包括如下步骤：获取耐药菌的多个样本的基因组测序数据，并根据所述基因组测序数据生成耐药菌的SNP信息和/或核苷酸k‑mers计数信息；以至少一种碱基长度的平滑滑动窗口切割所述基因组测序数据，统计切割后所有碱基片段的出现频率，以至少一种碱基片段进行拼接，合并所得拼接结果与所对应的耐药菌的最小抑菌浓度，获得特征数据集；将所述耐药菌的样本随机分为训练集和测试集，采用特征数据集训练机器学习模型，并计算所述机器学习模型的预测精度。该方法预测准确度较高，可以缩短最小抑菌浓度的检测时间，对临床用药具有重要的指导意义。 |
