一种基于比对算法构建的探针特异性数据库
基本信息
| 申请号 | CN201910397443.1 | 申请日 | - |
| 公开（公告）号 | CN110136780A | 公开（公告）日 | 2019-08-16 |
| 申请公布号 | CN110136780A | 申请公布日 | 2019-08-16 |
| 分类号 | G16B50/30;G06F16/21 | 分类 | 物理 |
| 发明人 | 杨冰;蔡霖霖;钱刚;郎洪天;潘石玄伟;李璐璐 | 申请（专利权）人 | 杭州链康医学检验实验室有限公司 |
| 代理机构 | - | 代理人 | - |
| 地址 | 310018 浙江省杭州市下沙经济技术开发区6号大街260号中自科技园1幢2楼西 | ||
| 法律状态 | - | ||
摘要
| 摘要 | 本发明涉及计算机和生物信息学技术领域，公开一种基于比对算法构建的探针特异性数据库，使得探针特异性分析结果既准确又能缩短运算时间，迅速得到结果。本发明中构建数据库为主要步骤，包括设置探针杂交的最小长度，打碎基因组；将探针比对到基因组上；统计每条序列所能抓取基因组的次数；对每个位置的所有序列取最大的数字为包含这个位置短序列的最大可能抓取次数；构建探针比对数据库；还原结果等步骤。本发明中的数据库，可以极大限度的提高探针比对的效率，且只需要对特定实验条件环境构建一次，即可持续使用。此外，本数据库可适用于最普通的PC或服务器，只需要下载构建好的数据库即可自行对探针特异性进行分析。 |
