一种基于k-mer的序列联配方法
基本信息
| 申请号 | CN202210050014.9 | 申请日 | - |
| 公开（公告）号 | CN114520024A | 公开（公告）日 | 2022-05-20 |
| 申请公布号 | CN114520024A | 申请公布日 | 2022-05-20 |
| 分类号 | G16B30/10（2019.01）I | 分类 | 物理 |
| 发明人 | 王庭璋;李樱红;张力;孙玲莉;洪烨;庞襄伟;刘洋;邱晓力 | 申请（专利权）人 | 浙江天科高新技术发展有限公司 |
| 代理机构 | 杭州求是专利事务所有限公司 | 代理人 | - |
| 地址 | 310012浙江省杭州市黄姑山路9号 | ||
| 法律状态 | - | ||
摘要
| 摘要 | 本发明涉及一种基于k‑mer的序列联配方法。本发明通过对seq1序列和seq2序列进行k‑mer分析，获得两条序列的k‑mer集合，筛选出一致性片段。然后利用所述的一致性片段进行序列划分，进而对不同差异性片段序列进行全局联配。最后把联配的结果从5’端到3’端合并得到完整序列的联配结果。本发明利用k‑mer方法可以大大缩短序列联配时间以及联配过程中占用的计算内存。本发明建立了全新的序列联配的核心思想，并为序列联配提供了一个新的高效的技术手段。 |
