一种基于16SrDNA序列的菌种鉴定方法专利查询专利号|摘要-满商公司网

一种基于16SrDNA序列的菌种鉴定方法

基本信息

申请号	CN202210078847.6	申请日	-
公开（公告）号	CN114373508A	公开（公告）日	2022-04-19
申请公布号	CN114373508A	申请公布日	2022-04-19
分类号	G16B30/10（2019.01）I	分类	物理
发明人	王庭璋;刘淑艳;马云婷;郑小玲;王美霞;钟啸萍;陶巧凤;方序	申请（专利权）人	浙江天科高新技术发展有限公司
代理机构	杭州求是专利事务所有限公司	代理人	林松海
地址	310012浙江省杭州市黄姑山路9号
法律状态	-

摘要

本发明公开了一种基于16S rDNA序列的菌种鉴定方法，步骤包括：将参考16S rDNA序列按照引物序列确定参考序列方向；根据预定长度将确定方向后的参考序列进行k‑mer切分；将含有一定数量的简并碱基序列进行展开，构建参考序列的k‑mer索引库；将查询序列按照预定长度进行k‑mer切分，构建k‑mer序列集合；根据特定公式以及特定序列相似性值计算查询序列的最小比对k‑mer数（kmin）；比对参考序列k‑mer索引库，统计查询序列的每个k‑mer的比对情况；根据kmin筛选出符合条件的候选参考序列，分别将查询序列与候选参考序列进行两两比对，计算序列相似性，最终输出查询序列的比对结果。本发明可以缩短海量序列查询时间以及减少海量数据存储空间，并为菌株鉴定提供了一个新的高效的技术手段。