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人类短片段串联重复序列高通量测序信息的处理方法

基本信息

申请号	CN201610102496.2	申请日	-
公开（公告）号	CN107122625A	公开（公告）日	2017-09-01
申请公布号	CN107122625A	申请公布日	2017-09-01
分类号	G06F19/20(2011.01)I;G06F19/22(2011.01)I;G06F19/24(2011.01)I;G06F19/26(2011.01)I;G06F19/28(2011.01)I	分类	计算；推算；计数;
发明人	周骋;姚旭斌;潘雅姣	申请（专利权）人	北京爱普益生物科技有限公司
代理机构	北京三高永信知识产权代理有限责任公司	代理人	北京爱普益生物科技有限公司
地址	100176 北京市大兴区经济技术开发区地盛东路1号爱普益大厦5层
法律状态	-

摘要

本发明公开了人类短片段串联重复序列高通量测序信息的处理方法，属于生物检测领域。该方法为：保留单张芯片的STR高通量测序信息中具有预设测序长度的序列，形成第一序列；根据样本标签信息，将第一序列分类至不同样本文件夹中，根据STR目的片段特异引物信息，将第一序列再分类至不同STR基因座文件夹中，形成第二序列；建立针对不同STR基因座的阶梯参比序列，将第二序列与其中相应STR基因座的序列比对，保留序列相似度≥90％的第三序列；将样本测序条目数的阈值设为1000，将基因座测序条目数的阈值设为50，将基因座内分型测序条目数的阈值设为5，将基因座内分型测序条目数/基因座测序条目数的阈值设为40％，筛选第三序列中≥以上阈值的序列，得STR分型结果。