基于全转录组的肿瘤抗原预测方法及其应用
基本信息
| 申请号 | CN201910071985.X | 申请日 | - |
| 公开（公告）号 | CN109801678A | 公开（公告）日 | 2019-05-24 |
| 申请公布号 | CN109801678A | 申请公布日 | 2019-05-24 |
| 分类号 | G16B20/50（2019.01）I; G16B25/10（2019.01）I; G16B30/10（2019.01）I; G16B40/00（2019.01）I | 分类 | 物理 |
| 发明人 | 叶浩; 李祥永; 韩子维; 黄建锋; 戴珩 | 申请（专利权）人 | 上海鲸舟基因科技有限公司 |
| 代理机构 | 上海智信专利代理有限公司 | 代理人 | 上海鲸舟基因科技有限公司 |
| 地址 | 201318 上海市浦东新区康新公路3399弄19号楼A区4-5层 | ||
| 法律状态 | - | ||
摘要
| 摘要 | 本发明涉及一种基于全转录组的肿瘤抗原预测方法，包括：根据肿瘤组织和相应癌旁组织的全转录组测序数据，分别进行肿瘤相关抗原的蛋白生成与肽段截取、肿瘤体细胞突变检测以及相应突变肽段截取、肿瘤特异novel转录本的生成与肽段截取、肿瘤组织中基因融合检测及融合肽段截取，获得包括肿瘤相关抗原、肿瘤体细胞突变、肿瘤novel转录本、基因融合的肿瘤特异肽段，计算所获得的肿瘤特异肽段与HLA分子的亲和力以及在各转录本中的表达量，基于肿瘤特异肽段的亲和力值和表达量TPM值，评价候选肿瘤抗原的级别。本发明还提供其应用。采用了本发明的方法及应用，有助于精确计算肿瘤抗原负荷、评估免疫治疗效果、服务后期的肿瘤疫苗设计。 |
