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基因组性染色体非同源区域的鉴定方法和装置

基本信息

申请号 CN202110746653.4 申请日 -
公开（公告）号 CN113205857B 公开（公告）日 2021-09-28
申请公布号 CN113205857B 申请公布日 2021-09-28
分类号 G16B30/00（2019.01）I 分类 物理
发明人 周勋;赵勇;陶琳娜;苏亚南;王龙 申请（专利权）人 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
代理机构 北京康信知识产权代理有限责任公司 代理人 路秀丽
地址 301700天津市武清区武清开发区创业总部基地B07
法律状态 -

摘要

摘要 本申请提供了一种基因组性染色体非同源区域的鉴定方法和装置。该鉴定方法包括获取XY型或ZW型个体以及XX型或ZZ型个体的二代测序数据，各个体的测序深度为第一测序深度；获取通过三代测序数据组装得到的XY型或ZW型个体的组装基因组；分别计算XY型或ZW型个体以及XX型或ZZ型个体的二代测序数据与组装基因组的比对结果中每个contig或scaffold测序深度，分别记为第二测序深度和第三测序深度；第二测序深度为第一测序深度的1/2~2/3，且第三测序深度小于第一测序深度的1/10的contig或scaffold是性染色体非同源区域。利用两种性别个体的reads深度共同鉴定的非同源区域更准确。