基于CPU+GPU异构的高并发序列比对计算加速方法

基本信息

申请号 CN202210046617.1 申请日 -
公开(公告)号 CN114064551A 公开(公告)日 2022-02-18
申请公布号 CN114064551A 申请公布日 2022-02-18
分类号 G06F15/16(2006.01)I;G06F9/48(2006.01)I 分类 计算;推算;计数;
发明人 张巍;林超宁;张崇 申请(专利权)人 广州嘉检医学检测有限公司
代理机构 广州君策达知识产权代理事务所(普通合伙) 代理人 陈宏升
地址 510000广东省广州市黄埔区广州国际生物岛螺旋四路9号第二层C201单元
法律状态 -

摘要

摘要 本发明公开了基于CPU+GPU异构的高并发序列比对计算加速方法,包含以下步骤:BWA‑MEM算法代码重构;CPU上任务并发处理:完成序列集的划分,第一次形成多个并发任务;运行代码重构后的BWA‑MEM算法,完成GPU上数据并发处理;GPU上任务并发处理:对于序列数据对比过程中产生的种子集和链,将相同或相邻的长度、位置、数量的种子集划分为同一数据块,链做同样处理,由此完成种子集与链的划分,第二次形成多个并发任务。本发明通过设计任务并行+数据并行的方式,让BWA‑MEM算法的特征与GPU加速设备的特征紧密结合,充分利用GPU强大的并发运算能力,为序列比对算法提供优异的性能,对比高并发处理效率较高。