基于光学图谱平台Irys的一种de novo测序数据组装方法
基本信息
| 申请号 | CN201610211082.3 | 申请日 | - |
| 公开（公告）号 | CN106021978B | 公开（公告）日 | 2019-03-29 |
| 申请公布号 | CN106021978B | 申请公布日 | 2019-03-29 |
| 分类号 | G16B20/30（2019.01）I | 分类 | 物理 |
| 发明人 | 马丰收; 张艺; 何飞; 刘洋 | 申请（专利权）人 | 晶能生物技术（上海）有限公司 |
| 代理机构 | 上海晨皓知识产权代理事务所（普通合伙） | 代理人 | 成丽杰 |
| 地址 | 201111 上海市闵行区元江路5500号第2幢1187室 | ||
| 法律状态 | - | ||
摘要
| 摘要 | 本发明涉及一种基于光学图谱平台Irys的一种denovo测序数据组装方法，使用光学图谱平台Irys得到基因组装文件；同时，拿到NGS的scaffold文件：fai文件；数据预处理：通过设定阈值，过滤掉可信度低的比对结果，合并cmap文件，排序，计算N50；组装效果统计：统计BioNano与NGS比对结果，包括BioNano的contig与NGS的scaffold长度、个数以及总量；根据BioNano的contig与NGS的scaffold之间的网络拓扑关系，分类分析组装出的新的contig长度与scaffold长度。可以辅助基因组组装，明显提高物种的基因组装效果。 |
