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基于光学图谱平台Irys的一种de novo测序数据组装方法

基本信息

申请号 CN201610211082.3 申请日 -
公开（公告）号 CN106021978A 公开（公告）日 2016-10-12
申请公布号 CN106021978A 申请公布日 2016-10-12
分类号 G06F19/18(2011.01)I 分类 计算；推算；计数;
发明人 马丰收;张艺;何飞;刘洋 申请（专利权）人 晶能生物技术（上海）有限公司
代理机构 上海晨皓知识产权代理事务所（普通合伙） 代理人 成丽杰
地址 201111 上海市闵行区元江路5500号第2幢1187室
法律状态 -

摘要

摘要 本发明涉及一种基于光学图谱平台Irys的一种denovo测序数据组装方法，使用光学图谱平台Irys得到基因组装文件；同时，拿到NGS的scaffold文件：fai文件；数据预处理：通过设定阈值，过滤掉可信度低的比对结果，合并cmap文件，排序，计算N50；组装效果统计：统计BioNano与NGS比对结果，包括BioNano的contig与NGS的scaffold长度、个数以及总量；根据BioNano的contig与NGS的scaffold之间的网络拓扑关系，分类分析组装出的新的contig长度与scaffold长度。可以辅助基因组组装，明显提高物种的基因组装效果。