基于链式搜索算法的母系MT单倍群鉴定方法、装置及设备专利查询专利号|摘要-满商公司网

基于链式搜索算法的母系MT单倍群鉴定方法、装置及设备

基本信息

申请号	CN202110024674.5	申请日	-
公开（公告）号	CN112687335A	公开（公告）日	2021-04-20
申请公布号	CN112687335A	申请公布日	2021-04-20
分类号	G16B20/20(2019.01)I;G16B20/30(2019.01)I;G16B50/00(2019.01)I	分类	物理
发明人	马玉昆;黎松;贾寒;李峰峰;温颜华;李根;吕丽	申请（专利权）人	北京果壳生物科技有限公司
代理机构	北京细软智谷知识产权代理有限责任公司	代理人	付登云
地址	102200北京市昌平区中关村生命科学园生命园路8号院6号楼8层
法律状态	-

摘要

本发明涉及一种基于链式搜索算法的母系MT单倍群鉴定方法、装置及设备，属于线粒体单倍群鉴定技术领域，通过将目标数据库的母系单倍群数据解析为易读且易处理的txt格式；将样本ASA芯片检测结果转换成forward链、计算检出率和性别；提取每个样本检测结果的突变位点信息，并根据突变位点信息及命名规则，对基因型信息进行命名并进行格式转换，获取目标格式的基因型信息；计算每个样本的所有检测到MT单倍群的初始得分；统计单个样本利用全局链式搜索法给所有候选MT单倍群的最终得分；将全局链式搜索法鉴定的单倍群与Haplogrep2软件进行比较评估方法的鲁棒性。本发明能对被检样本不同IlluminaSNP芯片数据进行母系MT单倍群鉴定，成本低、准确性高、操作方便、适用广。