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一种预测融合基因产生新生抗原的方法

基本信息

申请号 CN201910649862.X 申请日 -
公开（公告）号 CN110322925B 公开（公告）日 2021-09-03
申请公布号 CN110322925B 申请公布日 2021-09-03
分类号 G16B20/00;G16B30/00;C12Q1/6886 分类 物理
发明人 罗凯;莫凡;林志伟 申请（专利权）人 杭州纽安津生物科技有限公司
代理机构 杭州裕阳联合专利代理有限公司 代理人 金方玮
地址 310000 浙江省杭州市滨江区西兴街道江陵路88号5幢2楼A区-73
法律状态 -

摘要

摘要 本发明公开了一种预测融合基因产生新生抗原的方法，包括如下内容：将测序得到的原始数据进行质控；将质控后的数据比对到参考基因组，并对重复序列进行标记；使用软件预测HLA一类、二类分型；使用软件预测融合基因事件；对预测的融合基因事件进行注释、打分、排序和筛选；对筛选后的融合基因断点上下游的核苷酸序列进行提取和翻译得到新生多肽；对新生多肽进行MHC亲和力预测，使用多个HLA分型亲和力预测软件进行亲和力预测，再在预测结果中筛选出亲和力较强的多肽；根据融合基因新生多肽的表位结合能力和多肽特性进行筛选和设计新生多肽；本发明能够在优化检测速度的同时，大幅提升检测目的基因融合新生抗原的灵敏度和特异性。