微生物的种特异共有序列的获得方法、装置及应用
基本信息
| 申请号 | CN202010254696.6 | 申请日 | - |
| 公开（公告）号 | CN111477276B | 公开（公告）日 | 2020-12-15 |
| 申请公布号 | CN111477276B | 申请公布日 | 2020-12-15 |
| 分类号 | G16B30/10;G16B25/20 | 分类 | 物理 |
| 发明人 | 嵇匆;邵俊斌;刘燕;齐霞;金宇丹;李启腾 | 申请（专利权）人 | 上海之江生物科技股份有限公司 |
| 代理机构 | 上海光华专利事务所（普通合伙） | 代理人 | 上海之江生物科技股份有限公司 |
| 地址 | 201201 上海市浦东新区张江高科技园区瑞庆路528号20幢乙号1层、21幢甲号1层 | ||
| 法律状态 | - | ||
摘要
| 摘要 | 本发明的提供一种微生物的种特异共有序列的获得方法，至少包括以下步骤：S100，寻找候选共有序列：基于聚类算法对属于同一菌种的各个目标菌株的特异性序列进行聚类，获得多个候选种特异共有序列；S200，验证和获得初次筛选种特异共有序列：判断候选种特异共有序列是否满足以下条件：1)株种覆盖度满足预设值；2)有效拷贝数满足预设值；若候选种特异共有序列满足以上所有条件，则为种特异共有序列。本发明的方法灵敏度高；可在组装不完整的基序中寻找重复序列；获得的种特异性共有序列精确，可识别到亚种水平；识别的共有序列保守性强，以最少的共有序列尽可能达到株种覆盖度的最大值；所有的逻辑模块都带有多重验证，准确性高。 |
