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包含假结的RNA结构预测方法

基本信息

申请号	CN201310136386.4	申请日	-
公开（公告）号	CN103235902B	公开（公告）日	2016-03-09
申请公布号	CN103235902B	申请公布日	2016-03-09
分类号	G06F19/18(2011.01)I	分类	计算；推算；计数;
发明人	刘振栋;张鹏;崔巍;张志军;李跃军;柳楠;徐功文	申请（专利权）人	诺信医学科技（山东）有限公司
代理机构	北京聿宏知识产权代理有限公司	代理人	山东建筑大学
地址	250101 山东省济南市临港开发区凤鸣路中段山东建筑大学计算机科学与技术学院
法律状态	-

摘要

本发明公开了一种包含假结的RNA结构预测方法。该方法包括：确定待预测RNA序列中的所有结构单元，包括假结，把所有已知存在的结构单元放入结构单元池S₀={s₁，s₂，s₃，…s_n}，n为结构单元总数，s_n表示第n个结构单元；基于待预测RNA序列中的所有结构单元，通过迭代确定U=｛U₁，U₂，…，U_r，…，U_R｝，U_r表示第r次迭代得到的RNA结构能量较小的RNA结构，R为总迭代次数；根据U_r中各元素的自由能及其在所有的RNA结构中出现频率的总和，分别确定U_r中各元素与实际RNA结构的相似值；将U中相似值高的元素预测为该待预测RNA序列的RNA结构。本发明能够降低RNA结构的预测的时间、空间复杂度，提高预测敏感性和特异性。