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用于HLA分型的核酸捕获探针的设计方法

基本信息

申请号	CN201911104909.0	申请日	-
公开（公告）号	CN110853708B	公开（公告）日	2022-03-08
申请公布号	CN110853708B	申请公布日	2022-03-08
分类号	G16B25/20（2019.01）I;G16B30/10（2019.01）I	分类	物理
发明人	赵国栋;乔宗赟	申请（专利权）人	上海仁东医学检验所有限公司
代理机构	上海市汇业律师事务所	代理人	陆红杰
地址	201318上海市浦东新区半夏路100弄11号1-3层、地下1层
法律状态	-

摘要

本发明公开了一种用于HLA分型的核酸捕获探针的设计方法，步骤包括：1）构建HLA‑A、HLA‑B、HLA‑C序列库；2）多重序列比对，查找每种基因Exon2、Exon3上的及上下游的SNP位点；3）用滑窗分隔算法，挑取覆盖设定数目SNP位点的区域作为探针设计候选区域；4）聚类分析得到每个探针设计候选区域的代表性序列作为候选探针；5）对所有候选探针去重复，获得三种基因各自的捕获探针。本发明还公开了用上述方法设计的探针，其序列如SEQ ID NO:9～88所示。本发明针对HLA基因中GC比例60%以上的Exon2、Exon3区域的所有多态性位点设计核酸捕获探针，提高了HLA基因探针杂交捕获的效果。