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一种哺乳动物微小核糖核酸基因预测的方法

基本信息

申请号	CN201010572052.8	申请日	-
公开（公告）号	CN102485904A	公开（公告）日	2012-06-06
申请公布号	CN102485904A	申请公布日	2012-06-06
分类号	C12Q1/68(2006.01)I	分类	生物化学；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物学；酶学；突变或遗传工程;
发明人	陈喆;吴剑丙;刘培;葛宇清;潘辉	申请（专利权）人	深圳联合博海生物技术有限公司
代理机构	-	代理人	-
地址	310006 浙江省杭州市邮电路54号
法律状态	-

摘要

本发明根据哺乳动物微小核糖核酸(microRNA)前体序列具有高度跨物种保守性的特点，从已知的微小核糖核酸序列出发，找到了一种可行的基于同源预测的微小核糖核酸基因鉴定的生物信息学方法，可直接针对微小核糖核酸基因进行锁定，以便于进一步的生物学实验验证。本发明主要包括如下流程：步骤1：获取已知哺乳动物的微小核糖核酸前体发卡环序列；步骤2：获得未知物种的基因组序列；步骤3：利用局部比对，从基因组内寻找微小核糖核酸的同源序列；步骤4：根据一定的标准筛选潜在的前体序列；步骤5：利用核糖核酸(RNA)二级结构折叠软件生成二级结构；步骤6：计算二级结构自由能，筛选合格微小核糖核酸前体；步骤7：预测微小核糖核酸成熟体。最终，对于感兴趣的微小核糖核酸，可以直接进行实验验证。