一种基于三代PacBio测序数据的scaffold构建方法
基本信息
| 申请号 | CN201610326888.7 | 申请日 | - |
| 公开（公告）号 | CN106022003B | 公开（公告）日 | 2019-03-29 |
| 申请公布号 | CN106022003B | 申请公布日 | 2019-03-29 |
| 分类号 | G16B40/00（2019.01）I; G16B20/30（2019.01）I | 分类 | 物理 |
| 发明人 | 王军一; 詹东亮; 范崇仪; 蔡庆乐; 何荣军; 王兆宝; 岳伟 | 申请（专利权）人 | 杭州和壹基因科技有限公司 |
| 代理机构 | 杭州中成专利事务所有限公司 | 代理人 | 杭州和壹基因科技有限公司 |
| 地址 | 310052 浙江省杭州市滨江区长河街道聚才路88号远方科技中心15楼 | ||
| 法律状态 | - | ||
摘要
| 摘要 | 本发明提供一种基于三代PacBio测序数据的scaffold构建方法，大大降低了比对时间，从而明显提高了构建scaffold的速度。本法先从contig中提取unique‑kmer，再使用unique‑kmer作为seed，将contig比对到三代PacBio数据，最后处理比对信息来构建scaffold。基于本法来构建scaffold，通常情况在一天的时间内就能完成scaffold构建。 |
