一种CRISPR目标区间变异检测的分析方法
基本信息
| 申请号 | CN202011596528.1 | 申请日 | - |
| 公开（公告）号 | CN112687331A | 公开（公告）日 | 2021-04-20 |
| 申请公布号 | CN112687331A | 申请公布日 | 2021-04-20 |
| 分类号 | G16B20/20(2019.01)I;G16B20/50(2019.01)I;G16B40/00(2019.01)I;G16B50/30(2019.01)I | 分类 | 物理 |
| 发明人 | 陈全明;姜丽荣;孙子奎 | 申请（专利权）人 | 上海派森诺生物科技股份有限公司 |
| 代理机构 | 上海点威知识产权代理有限公司 | 代理人 | 胡志强 |
| 地址 | 200030上海市徐汇区银都路218号2号楼3、4层 | ||
| 法律状态 | - | ||
摘要
| 摘要 | 本发明公开了一种CRISPR目标区间变异检测的分析方法，1)将高质量测序数据使用flash软件将两条reads按照overlap进行合并，再使用cd_hit软件按照短序列与长序列完全相似的标准进行聚类，获得聚类结果；2)使用mafft软件将聚类结果与目标区间进行序列的多重比对，扫描目标区间，根据扫描结果查找出突变；3)根据步骤2)中找出的突变进行分类，再结合步骤1)中的聚类结果中每一个cluster的reads数除以总聚类的reads数，得到每个cluster条目对应分类的突变率；通过本发明的分析得到的结果更接近真实情况，提高了准确率。 |
