一种获取ADAR蛋白细胞内高效结合的底物序列的方法及底物序列和应用
基本信息
| 申请号 | CN202010158889.1 | 申请日 | - |
| 公开（公告）号 | CN111593093A | 公开（公告）日 | 2020-08-28 |
| 申请公布号 | CN111593093A | 申请公布日 | 2020-08-28 |
| 分类号 | C12Q1/6809(2018.01)I | 分类 | 生物化学；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物学；酶学；突变或遗传工程; |
| 发明人 | 张锐;杨文兵;宋玉龙 | 申请（专利权）人 | 时夕（广州）生物科技有限公司 |
| 代理机构 | 广州粤高专利商标代理有限公司 | 代理人 | 中山大学 |
| 地址 | 510275广东省广州市海珠区新港西路135号 | ||
| 法律状态 | - | ||
摘要
| 摘要 | 本发明公开了一种获取ADAR蛋白细胞内高效结合的底物序列的方法及底物序列和应用。所述方法包括如下步骤：S1.细胞准备及蛋白与RNA交联反应；S2.免疫共沉淀及双链RNA消化，连接，和逆转录；S3.cDNA环化、建库和高通量测序；S4.ADAR底物拼装；S5.高效结合底物的评估。本发明首次开发了一种获取ADAR蛋白细胞内高效结合的底物序列的方法irCLASH，本发明从实验及生物信息学的角度填补现有ADAR1结合底物研究存在的空缺，与现有其他研究蛋白与RNA相互作用的方法相比，可显著提高嵌合体读长的得率，可最大限度提高了ADAR蛋白作用底物的构建数量，同时缩短实验耗时、简化了实验操作。 |
