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高通量测序数据质量过滤方法和过滤装置

基本信息

申请号 CN201611236128.3 申请日 -
公开（公告）号 CN106777262A 公开（公告）日 2017-05-31
申请公布号 CN106777262A 申请公布日 2017-05-31
分类号 G06F17/30(2006.01)I;G06F19/16(2011.01)I 分类 计算；推算；计数;
发明人 陈晨;王震;于伟文 申请（专利权）人 上海华点云生物科技有限公司
代理机构 北京邦信阳专利商标代理有限公司 代理人 上海华点云生物科技有限公司
地址 200335 上海市长宁区广顺路33号8幢490室
法律状态 -

摘要

摘要 本发明公开了一种对高通量测序数据进行质量过滤的方法和装置，所述方法包括：根据所述高通量测序数据为并行计算做准备；通过并行计算过滤掉准备好的数据中质量不达标的数据。确定质量转换方式；数据切分；生成并行计算的执行实体。将第一文件和第二文件分别转换为第一RDD和第二RDD；将第一RDD和第二RDD分别切分为第一partition组和第二partition组；将第一RDD和第二RDD合并为第三RDD；将第三RDD切分为第三partition组。生成对第三partition组进行并行计算的执行实体task。采用本发明的技术方案，能够大大提高对高通量测序数据进行质量过滤的执行速度。