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一种基于单细胞转录组聚类结果注释细胞身份的方法

基本信息

申请号	CN201910246519.0	申请日	-
公开（公告）号	CN110060729B	公开（公告）日	2020-02-28
申请公布号	CN110060729B	申请公布日	2020-02-28
分类号	G16B20/00;G16B40/00	分类	物理
发明人	黄仲曦;章建平;汪佳宏;林献威;潘星华	申请（专利权）人	广州序科码生物技术有限责任公司
代理机构	广州三环专利商标代理有限公司	代理人	广州序科码生物技术有限责任公司
地址	510000 广东省广州市广州高新技术产业开发区科学城开源大道11号B3栋905室
法律状态	-

摘要

本发明公开了一种基于单细胞转录组聚类结果注释细胞身份的方法，包括步骤：S1、提供存活细胞，利用10X genomics建库并测序，获得转录组测序数据；S2、对步骤S1所得测序数据进行过滤，然后用软件cellranger进行初始分析，输出原始数据；S3、分析步骤S2输出的原始数据；S4、细胞身份注释，包括步骤：S41，将Cell Marker数据库的标签基因按细胞类型进行分类；S42，将FindAllMarkers函数筛选出来的标签基因按P值排序；S43，将Cell Marker数据库中每类细胞的标签基因与FindAllMarkers函数筛选出来的细胞亚群标签基因取交集，根据交集基因，进行打分；S44，根据基因交集打分大小排序，将分值最大者对应的细胞类型注释为当前亚群的细胞身份。采用本发明的方法能准确快速地对细胞分类和身份注释。