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一种基因组测序数据序列组装方法

基本信息

申请号	CN201410096283.4	申请日	-
公开（公告）号	CN104750765B	公开（公告）日	2017-10-03
申请公布号	CN104750765B	申请公布日	2017-10-03
分类号	G06F17/30(2006.01)I	分类	计算；推算；计数;
发明人	孙际宾;李澎鹏;郑平;马延和	申请（专利权）人	天工生物科技（天津）有限公司
代理机构	天津滨海科纬知识产权代理有限公司	代理人	韩敏
地址	300308 天津市滨海新区自贸试验区（空港经济区）中环西路86号汇盈产业园8号楼1-201-A218
法律状态	-

摘要

本发明实施例提供了一种基因组测序数据序列组装方法，可以整合从头测序和重测序的算法的优点，实现基因组测序数据序列的高效组装。已知测序数据比对到一参考序列后生成的一基于参考序列获得的基因组测序序列的拟定序列遍历路径以及基因组测序数据的重叠关系集合：该集合包括“确定”关系子集和“不确定”关系子集。该方法包括：将测序数据序列比对到一个近缘参考基因组后获得一个基于参考序列获得的基因组测序序列的拟定序列遍历路径，逐个检查拟定序列遍历路径中的每个节点，根据重叠关系集合的“确定”关系子集和/或“不确定”关系子集中的连接关系来对拟定序列遍历路径进行迭代修正，并更新重叠关系集合；基于更新后的拟定序列遍历路径以及重叠关系集合，检查下一个节点，直至最后一个节点。