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用于衡量基因组不稳定性的试剂盒、探针及其应用

基本信息

申请号	CN202011360943.7	申请日	-
公开（公告）号	CN112662767B	公开（公告）日	2021-08-06
申请公布号	CN112662767B	申请公布日	2021-08-06
分类号	C12Q1/6886	分类	生物化学；啤酒；烈性酒；果汁酒；醋；微生物学；酶学；突变或遗传工程;
发明人	焦阳;陈冬菊;宋程程;蔡宇航;李红梅;孟培;王春丽;邵明辉;石太平	申请（专利权）人	华大生物科技（武汉）有限公司
代理机构	北京清亦华知识产权代理事务所（普通合伙）	代理人	周慧云
地址	518083 广东省深圳市盐田区洪安三街21号华大综合园7栋7层-14层
法律状态	-

摘要

本发明提出用于衡量基因组不稳定性的试剂盒及其应用，试剂盒含有的探针集合是通过下列步骤确定的：将参考基因组序列划分为多个一级区域，一级区域含有至少一个已知的SNP位点；针对多个一级区域的每一个，进行SNP过滤；选择缺口区域；基于预期间隔，将缺口区域划分为至少一个二级区域；针对至少一个二级区域的每一个，分别进行二级高频SNP搜寻：由二级区域的中心点向两侧至少一次延伸处理；和在至少一次延伸预定长度之后，在所得到的区域中寻找频率最高的SNP，基于一级高频SNP和二级高频SNP汇总作为起始点SNP，确定三级区域；和基于三级区域，构建特异性识别三级区域的探针。利用该方法，能够有效地获得能够有效地用于分析基因组不稳定性的探针组合。