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二代测序短序列快速比对分析方法及装置

基本信息

申请号	CN201610609337.1	申请日	-
公开（公告）号	CN106295250B	公开（公告）日	2019-03-29
申请公布号	CN106295250B	申请公布日	2019-03-29
分类号	G16B30/10（2019.01）I	分类	物理
发明人	郑洪坤; 郭强; 许德德; 马威锋; 孙乔慧	申请（专利权）人	北京普康瑞仁医学检验所有限公司
代理机构	北京路浩知识产权代理有限公司	代理人	李相雨
地址	101300 北京市顺义区南法信镇顺平路南法信段9号院1幢8层801室
法律状态	-

摘要

本发明公开一种二代测序短序列快速比对分析方法及装置，能够解决测序数据的比对效率低以及内存占用高的问题。所述方法包括：获取测序得到的DNA短序列，并采用第一hash算法和第二hash算法分别映射编码所述DNA短序列，分别得到第一索引和第二索引；基于预设的index查询库、所述第一索引和第二索引将所述DNA短序列和参考基因组进行比对，所述index查询库由单元结构体数组构成，每个单元结构体包含有value值和index2值，存储每个所述单元结构体的数组索引偏移量为对应的index1，即为结构体数组对应的索引值，K为片段序列长度；根据比对的结果，若比对上，则获取与对应的DNA短序列比对上的K‑mer片段的value值，确定出对应的DNA短序列所在染色体号和所在染色体上的位点。