一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法

基本信息

申请号 CN202010501363.9 申请日 -
公开(公告)号 CN111607640A 公开(公告)日 2020-09-01
申请公布号 CN111607640A 申请公布日 2020-09-01
分类号 C12Q1/6881(2018.01)I;C12Q1/6851(2018.01)I 分类 生物化学;啤酒;烈性酒;果汁酒;醋;微生物学;酶学;突变或遗传工程;
发明人 李丛;周一鸣 申请(专利权)人 角井(北京)生物技术有限公司
代理机构 北京汉鼎理利专利代理事务所(特殊普通合伙) 代理人 北京新抗元生物技术有限公司
地址 102206北京市昌平区科技园区生命园路29号1幢B316-12室
法律状态 -

摘要

摘要 本发明提供一对HLA等位基因中两个等位基因表达量的定量检测方法,所述方法应用于二倍体生物中个性化HLA的检测,所述检测方法包括将所述测序数据的reads的长度作为需要构建的Kmer长度m,分别得到每个等位基因的所有Kmer,过滤掉每个等位基因中非特有的Kmer,得到一对HLA等位基因中每个等位基因特有的Kmer,和统计一对HLA等位基因中两个等位基因中每个等位基因特有的reads数量,得到该对HLA等位基因中两个等位基因表达量及其表达的比例。