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基于深度迁移的对HLA抗原呈递预测系统的增强方法

基本信息

申请号 CN202111204491.8 申请日 -
公开（公告）号 CN113762417A 公开（公告）日 2021-12-07
申请公布号 CN113762417A 申请公布日 2021-12-07
分类号 G06K9/62（2006.01）I;G06N3/04（2006.01）I;G06N3/08（2006.01）I 分类 计算；推算；计数;
发明人 方榯楷;费才溢;徐实 申请（专利权）人 南京澄实生物科技有限公司
代理机构 南京天华专利代理有限责任公司 代理人 刘畅;傅婷婷
地址 210000江苏省南京市江北新区探秘路73号树屋十六栋D-2栋2层209室
法律状态 -

摘要

摘要 本发明提出了一种基于深度迁移的对HLA抗原呈递预测系统的增强方法，包括：1）使用全局最大差异打分矩阵生成不同比例的负样本训练集：正负样本均衡的源域数据集，正负样本失衡的目标数据集2）采用多种不同的深度神经网络来编码已知序列信息、多模态特征融合等手段，在正负样本比均衡的源域数据上得到预训练模型3）通过深度迁移方法，将预训练模型迁移至正负样本比极端失衡的目标数据集4）提出创新的“严格准确率（strict PPV）”指标。同于以往其他基于单一数据集与单一人工智能模型的MHC预测方法，本发明能高效地融合多模态信息，快速部署迁移到不用的数据集上，节省了在新环境与数据上重新训练模型的算力与时间成本。