环境保护部南京环境科学研究所（Nanjing Institute of Environmental Sciences,MEP）成立于1978年，是环境保护部直属公益性科研机构，也是中国最早开展环境保护科研的院所之一。 研究所科研范围涵盖了生态保护与修复、自然与生物多样性、农村环境管理、有毒有害化学品生态效应与污染控制、土壤污染防治以及流域生态保护与水污染防治等6个领域，21个研究方向。 据2017年6月研究所官网资料显示，研究所科研场所占地2.12公顷、建筑面积1.5万平方米；有在职职工330余人；建有三个部级重点实验室，装备有仪器设备千余台（套） 。