中国科学院上海应用物理研究所筹建于1958年10月，1959年8月正式成立，时称中国科学院上海原子核研究所，2003年6月经国家批准定为现名。中国科学院上海应用物理研究所以光子科学、核科学技术及相关交叉学科研究为主，同时推进科研成果产业化。 截至2014年底，中国科学院上海应用物理研究所有两大园区，分别坐落于上海市科技卫星城嘉定区和浦东张江高科技园区，占地面积共约700亩；研究所共有在职职工1162人，其中科技人员1005人；有国家科学中心1个，中国科学院重点实验室（中心或研究院）4个，上海市重点实验室1个；共有在学研究生402人，其中硕士生195人，博士生207人。