上海六一儿童医院是沪上一所集医疗、保健、康复、科研、健康宣教和管理为一体的特色专科医院，设有“六一健康/线上医院”上海六一分院区、华东地区（儿科）MDT跨院会诊基地、大型儿童健康公益项目“六一健康快车”上海医生工作站，是胡亚美儿童医学研究院临床基地，上海市儿童健康基金会“六一天使基金”爱心援助定点医院，中国“儿童抽动多动症多学科临床研究联盟”（国内抽动多动症医疗科研工作者的高水平学术平台）成员。上海六一儿童医院主要有：儿科；小儿呼吸专业；小儿神经病学专业；小儿内分泌专业；小儿免疫专业/儿童保健科；儿童生长发育专业/皮肤科；皮肤病专业/医学检验科；临床体液、血液专业；临床化学检验专业/中医科/医学影像科；X线诊断专业；超声诊断专业；放射治疗专业。