中国科学院昆明动物研究所成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶站。1963年曾改名为中国科学院西南动物研究所，1970年划归云南省后，改名为云南省动物研究所，1978年重归中国科学院，恢复原所名。 中国科学院昆明动物研究所围绕“一三五”发展规划，确定了立足西南及东南亚丰富的生物多样性资源，凝练了“重大疾病灵长类新型动物模型创制与新药研究”、“基因组进化的理论突破”、“家养动物及其野生近缘种基因资源发掘”等三个重点突破方向。 截至2014年底，昆明动物所共有在职职工425人。其中科技人员182人、科技支撑人员190人，包括中国科学院院士1人、发展中国家科学院院士1人、研究员及正高级工程技术人员34人、副研究员及高级工程技术人员53人。