中国中医科学院中医基础理论研究所成立于1985年4月，是目前唯一一个专门从事中医基础理论研究的国家级科研院所。其前身为1980年成立的中医研究院中心实验室。以继承与创新结合、理论探索联系临床实际、基础研究面向国家重大需求为基本方针，工作方向包括基于临床的中医理论创新研究；中医理论的框架与内涵研究；中医理论在重大疾病临床防治中应用研究。中长期发展目标是要建设成为队伍精干、优势突出、特色鲜明、能胜任中医理论继承与创新研究任务，代表国家中医药基础理论研究水平的中央科研院所；努力成为高水平的国家中医基础理论研究中心、中医基础理论研究重大项目的组织中心、中医基础理论研究的学术交流中心。