综合研究所系1964年经中华人民共和国科学技术委员会(64)科五范字063号文批准,由原地质部所属研究室调整组成;1969年,综合研究所内迁至四川省峨眉县,并更名为峨眉矿产综合利用研究所;1992年,经国家计划委员会批准,综合研究所迁至四川省成都市;1999年,根据国土资源部办公厅国土资厅发[1999]87号《关于印发中国地质科学院“三定”方案的通知》,定名中国地质科学院成都矿产综合利用研究所,为中国地质科学院下属事业单位;2000年,根据中央机构编制委员会办公室中编办字[2000]76号文《关于国土资源部所属部分事业单位调整更名的批复》,更名为中国地质科学院矿产综合利用研究所;2001年,根据科学技术部、财政部、中央编办国科发政字[2001]428号文《关于对水利部等四部门所属98个科研机构分类改革总体方案的批复》,综合研究所暂由中国地质科学院管理;2005年,根据国土资源部国土资发[2005]13号文《关于印发国家公益性地质调查队伍建设意见的通知》,综合研究所划归中国地质调查局直属管理。