广西凭祥综合保税区开发投资有限公司成立于2009年3月，由广西北部湾投资集团有限公司、凭祥市城市建设投资有限责任公司及崇左市建设投资有限责任公司共同出资组建，注册资金2000万元，广西北部湾投资集团有限公司占股70%，凭祥市城市建设投资有限责任公司占股20%，崇左市建设投资有限责任公司占股10%。公司目前主要从事凭祥综合保税区的投资建设与经营管理，负责凭祥综合保税区范围内的国有资产管理、土地开发、基础建设、招商引资、产业发展、进出口业务和功能配套等工作，且具有盘活综合保税区区内各类资产的职能。