公司前身中垦农业资源开发股份有限公司系经国家经济贸易委员会经贸委企改[1999]698号文批准,由中国农垦(集团)总公司作为主发起人,联合江苏省农垦集团有限公司、中国水果与蔬菜有限公司、天津开发区兴业房地产投资有限公司及江苏大圣集团有限公司等五家企业共同发起设立的股份有限公司。经中国证监会证监发行字[2000]178号文核准,2000年12月22日公司发行社会公众股8,000万股。 2014年1月,公司名称由"中垦农业资源开发股份有限公司"变更为"中农发种业集团股份有限公司",英文名称由"Zhongken Agricultural Resource Development Co.,Ltd."变更为"Zhongnongfa Seed Industry Group Co.,Ltd."。