国家海洋局第二海洋研究所创建于1966年，是一座综合型公益性海洋研究机构。主要职能是从事海洋基础研究、应用基础研究和高新技术研究，促进海洋科技进步，为海洋管理、公益服务、海洋经济发展及海洋安全提供科技支撑。 作为国内从事海洋调查与研究的主要单位之一，建有一个国家重点实验室、三个国家海洋局开放实验室以及一个所级重点实验室。拥有与国际接轨的、可用于近岸到深海海洋调查研究所需的、总价值上亿元的多专业内外业仪器设备。 2014年海洋二所与舟山市政府联合组建的“国海舟山海洋科技研发基地”，基地占地55亩、占用岸线300米、建设5000吨级码头泊位2个，位于舟山长峙岛毗邻浙江海洋大学，拟建设成为集深海科学研究、海洋资源开发与环境保护、技术研发与装备制造为一体的科研基地。