祁药有限前身为“甘肃省国营祁连山制药厂”,始建于1969年,甘肃省中型企业,隶属于甘肃省农垦集团有限责任公司。祁药有限是经甘肃省人民政府国有资产监督管理委员会甘国资改革[2007]44号批复,并经甘肃省酒泉市工商行政管理局核准,于2006年8月30日通过改制设立。根据祁药有限2013年12月19日的股东会决议及《甘肃祁连山药业有限公司变更设立甘肃祁连山药业股份有限公司之发起人协议》,有限公司整体变更设立为股份有限公司。2014年2月25日,甘肃祁连山药业股份有限公司完成股份公司的工商变更登记手续。