一九五五年至一九五六年，国家为满足呼包城市建设和钢铁、稀土工业基地的供水需要，先后在包头和呼市正式组建了地质部直属九二一队和九二二队。一九五六年秋，两队在呼和浩特市合并。命名为“地质部水文地质工程地质局内蒙古大队”。一九五八年为适应内蒙古经济发展的需要，划归“内蒙古自治区地质局”管辖，更名为“内蒙古自治区水文地质工程地质大队”。隶属地质部管理，主要承接国家地质任务和自治区政府建设项目工作。一九八七年，“内蒙古自治区水文地质工程地质队”为开拓市场、服务社会，挂牌设立了“内蒙古自治区水文地质工程地质勘察中心”，主要承接地方市场建设项目工作。一九九三年，“内蒙古自治区水文地质工程地质队”更名为“内蒙古自治区第一水文地质工程地质勘查院”。同时为促进企业化改革。将“内蒙古自治区水文地质工程地质勘察中心”转制为国有独资企业，更名为“地矿呼和浩特地质工程勘察院”。全面进入市场从事业内工作。一九九九年，随着国家管理体制的调整，划归内蒙古自治区政府管辖。二00二年，“内蒙古自治区第一水文地质工程地质勘查院”为实现国有企业产权多元化和强大持久的发展，与“内蒙古自治区地质工程总公司”以及职工共同出资，将“地矿呼和浩特地质工程勘察院”重组为“内蒙古地矿地质工程勘察有限责任公司”。二００五年起，“内蒙古自治区第一水文地质工程地质勘查院”与“内蒙古地矿地质工程勘察有限责任公司”实施划定事企职能、整体协调发展的双轨制运作机制，共同从事业内事业项目和市场项目工作。