中国科学院上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、浙江和福建地区的研究院所工作。其科研业务工作归口中国科学院，日常行政工作受上海市领导。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中科院华东办事处，接管并改造了原国立中央研究院、国立北平研究院在上海、南京的研究机构，1955年2月更名为上海办事处，1958年11月成立上海分院，1961年改为华东分院，1970年中科院撤消分院体制，1977年11月恢复成立中科院上海分院。 上海分院现有15家法人研究机构：上海微系统与信息技术研究所、上海硅酸盐研究所、上海光学精密机械研究所、上海应用物理研究所、上海技术物理研究所、上海有机化学研究所、上海生命科学研究院、上海天文台、上海药物研究所、上海巴斯德研究所、福建物质结构研究所、宁波材料技术与工程研究所、城市环境研究所、上海高等研究院、微小卫星创新研究院（上海分院系统研究机构的教育职能归口中国科学院大学）。 截至2017年，中国科学院上海分院有一支13718人的科研、管理和支撑队伍，其中专业技术人员9761人（含高级研究人员4087人）。有两院院士69人，国家“”入选者147人，国家杰出青年科学基金获得者153人，国家自然科学基金委员会创新群体20个，共55人次担任国家“973”项目首席科学家。有13个国家重点实验室、39个中国科学院重点实验室，以及中国科学院上海教育基地、中国科学院上海国家技术转移中心、中国科学院上海交叉学科研究中心。