1994年1月,新疆生产建设兵团农业建设第六师以所属的19个农牧团场及园艺场和水管处共21个单位的全部国有资产和土地资源为主体,采用行政划拨方式组建成立了新疆五家渠农垦农工商总公司。 2002年10月11日,兵团农六师同意农工商总公司以其原直属的工交建商企业和对外投资形成的参控股公司为权属企业,改组设立了农六师国有资产经营有限责任公司。 2014年9月,公司名称由“农六师国有资产经营有限责任公司”变更为“第六师国有资产经营有限责任公司”。 2015年1月,公司名称由“第六师国有资产经营有限责任公司”变更为“新疆生产建设兵团第六师国有资产经营有限责任公司”。