农业部南京农业机械化研究所（Nanjing Research Institute for Agricultural Mechanization Ministry of Agriculture）是中国农业科学院九大学科群中农业工程学科群的主要依托单位之一。 研究所已经形成了主要农作物生产机械化、特色经济作物生产机械化、农副产品加工机械化、施药技术与装备、农业工程、农业资源开发、质量控制与检测及农业机械化发展8个学科共32个研究方向的学科体系。 据2018年8月研究所官网资料显示，研究所地处古城南京钟山风景区南麓，占地12公顷；设有8个科技创新中心；拥有1个一级学科博士学位点，1个二级学科博士学位点，3个一级学科硕士学位点，3个二级学科硕士学位点；共有在职职工232人，其中研究员19人、高级工程师57人。