内蒙古自治区地质矿产勘查开发局成立于1956年，原称地质部内蒙古自治区地质局，由地质部直接领导。1958年中央决定将地质局下放到各省管理，1963年又改由地质部垂直领导，1970年再次下放到自治区，实行双重领导以自治区管理为主，1980年又改为以地质部为主的双重领导体制。1994年，国务院机构改革实行政事、政企分开，将内蒙古地质矿产局分为内蒙古自治区地质矿产厅和地矿部内蒙古地质矿产勘查开发局，内蒙古地矿厅为自治区政府地矿行政主管部门，地勘局仍实行以地矿部为主的双重领导体制。1999年6月，正式由国土资源部划归自治区人民政府管理，并更名为内蒙古自治区地质矿产勘查开发局，由国土资源厅归口管理，为正厅级事业单位。