煤科总院前身是北京煤炭科学研究院，成立于1957年。1999年7月1日，根据国务院国办函[1999]38号文和国科发政字[1999]143号文的要求，煤科总院及其管理的分院、所整体转制为中央企业工委管理的大型科技企业，并于2000年2月2日领取企业法人营业执照。 煤科总院是中国煤炭行业唯一的综合性研究机构，建院近50年来，共取得了科研成果4000多项，其中5项获国家发明奖，700多项获国家和省部级科技成果奖，获得各项专利500 多项。“八五”期间，煤科总院承担了行业74%的国家科技攻关任务，“九五”期间，承担了行业73%的国家攻关和70%的行业攻关任务，是行业技术进步的主要支撑单位，为煤炭工业的产业升级和技术进步作出了重大贡献。 1985年国家推行科技体制改革以来，煤科总院开始实行事业单位企业化管理，在“立足煤炭、面向社会、发展高新技术、兼顾多种经营全面发展”的经营方针指导下，积极拓展业务，逐步由科研型向科研经营型转变，于1990 年基本实现了自收自支。经过十多年的发展，煤科总院已经形成了集科学研究、科技产业、科技服务、工程承包、技贸经贸为一体的产业发展格局，经营范围拓展到矿山、冶金、水电、地铁、市政、路桥、化工等多个领域。 2008年09月，经报国务院批准，中煤国际工程设计研究总院与煤炭科学研究总院重组合并，成立中国煤炭科工集团有限公司，煤科总院成为集团公司的全资子公司。2014年5月，煤科总院改制更名为“煤炭科学技术研究院有限公司”。