根据《中华人民共和国土地管理法》第七十四条及《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四十条的规定，我局提出处理意见如下：1、没收在非法占用的5000平方米耕地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；2、对伊犁河谷农业科技集团有限公司处耕地开垦费2倍以下的罚款，即5000平方米×7元/平方米=35000元。行政处罚履行方式和期限:自收到本处罚决定书之日起15日内将罚没款交至自治区财政厅国库处账户，执收单位：察布查尔县国土资源执法监察大队。逾期不缴纳罚款的，按照《中华人民共和国行政处罚法》第五十一条第一项之规定，每日按罚款数额的百分之三加处罚款。本决定送达当事人，即发生法律效力。你如不服本处罚决定，可以在收到本处罚决定书之日起60日内向察布查尔县人民政府或伊犁州国土资源局申请行政复议，或者6个月内直接向察布查尔县人民法院提起诉讼。逾期不申请 收起

根据《中华人民共和国土地管理法》第七十六条和《新疆维吾尔自治区实施〈中华人民共和国土地管理法〉办法》第五十一条第四款之规定，决定处罚如下:1、责令停止违法行为，恢复土地原状；2、对非法占用的土地处以每平方米30元的罚款，即406.92平方米×30元／平方米＝12207.6元。行政处罚履行方式和期限:自收到本处罚决定书之日起15日内将罚没款交至自治区财政厅国库处账户，执收单位：察布查尔县国土资源执法监察大队。逾期不缴纳罚款的，按照《中华人民共和国行政处罚法》第五十一条第一项之规定，每日按罚款数额的百分之三加处罚款。本决定送达当事人，即发生法律效力。你单位如不服本处罚决定，可以在收到本处罚决定书之日起60日内向察布查尔县人民政府或伊犁州国土资源局申请行政复议，或者90日内直接向察布查尔县人民法院提起诉讼。逾期不申请行政复议，不提起行政诉讼，又不履行本行政 收起